​　表皮ブドウ球菌（S. epidermidis）はアクネ菌と同様に、美肌を保つ「美肌菌」とも言われています。例えば、皮脂を原料に肌の乾燥から守るグリセロールや短鎖脂肪酸を作り出し、肌を弱酸性に保つことにより病原細菌の侵入を防ぐ役割があります。さらに、皮膚の炎症を誘発するTLR2タンパク質の生産を減少させてアクネ菌による炎症を抑制することが知られています。この他にも表皮ブドウ球菌の代謝産物は、炎症をもたらす黄色ブドウ球菌やA群レンサ球菌などの増殖を選択的に阻害し、皮膚腫瘍形成抑制、真皮の増加をもたらすことが報告されています。ただし、健常者であれば病原性はありませんが、免疫システムが低下すると感染症を発症するリスクがあります。
　一方で、同じブドウ球菌である黄色ブドウ球菌（S. aureus）は、皮膚や粘膜のバリアが破られると毛包炎や膿痂疹、膿腫、蜂窩織炎などの皮膚感染症から、肺炎や髄膜炎、敗血症など生命を脅かすような病気の原因菌になります。また、アトピー性皮膚炎や湿疹を発症している患者で多く検出され、炎症や症状を悪化させます。さらに、エクスフォリアチンやエンテロトキシンなど毒素を生産するため、乳幼児の表皮では熱傷様皮膚症候群を引き起こし、食品中で増殖すると下痢や嘔吐などの食中毒を引き起こすこともあります。
　 因みに、抗生物質に耐性をもったブドウ球菌が院内・市中感染の原因となりえるため注目されています。一般的なブドウ球菌と同様に、健常者の鼻腔や皮膚から検出され、皮膚や軟部組織の感染症を引き起こします。Methicillin-resistant S. epidermidis（メチシリン耐性表皮ブドウ球菌：MRSE）やMethicillin-resistant S. aureus（メチシリン耐性黄色ブドウ球菌：MRSA）が有名で、バンコマイシン耐性や多剤耐性を獲得したブドウ球菌も報告されています。 
　このように同じブドウ球菌（Staphylococcus 属）でも、美肌菌から食中毒菌、院内感染菌など様々な性質を有しており、私たちの生活に密着した微生物の１つです。

​　​このようにニキビの原因菌として知られているアクネ菌ですが、肌を正常な状態に保つ働きをする常在菌としても知られています。アクネ菌が脂質に富んだ毛穴にコロニーを形成し、病原細菌が肌に侵入することを防ぐことで、皮膚の細菌叢のバランスを維持しています。また、皮脂に含まれるトリグリセリドを分解し、短鎖脂肪酸やグリセロールを生成することで、pHの維持や、抗菌活性、保湿といった肌の健康維持に重要な肌環境条件を作り出しています。
　肌に良い影響と悪い影響のあるアクネ菌ですが、近年では、ゲノム情報を活用してその性質の違いを明らかにしようとする研究が進められており、ファイロタイプ (系統情報に基づいた群) と遺伝的特徴との関連性が見出されてきています。系統情報に基づいたアクネ菌の分類方法がこれまでに開発されており、16S rRNA遺伝子配列で分類するRibotype (RT) 法や、複数のハウスキーピング遺伝子の配列で分類するMulti locus sequence typing (MLST) 法、MLSTを改良したeMLST (expanded MLST) などが分析に用いられてきました。また、1つの遺伝子の配列情報だけで分類するSingle locus sequence typing (SLST) 法といった、より解析が簡便で高解像度なタイピング手法も開発されています。
　これまでのアクネ菌の研究によって、健康な皮膚で見られるアクネ菌がいる一方で、重度のニキビに関連するアクネ菌がいることが分かってきました。今後、アクネ菌の遺伝的な多様性の理解が進むことで、病原性のアクネ菌のみに作用する治療薬をはじめとした個別化療法の開発に繋がることが期待されます。

​　真菌は疾患との関連性が多く報告されており、真菌によって生じる疾患を真菌症と呼びます。また、感染症に限らず、アレルギー性疾患や代謝物による中毒も真菌症に含めることがあります。真菌の寄生部位が表皮や粘膜に限局する場合は浅在性真菌症（白癬、カンジダ症など）と、真皮以下に寄生する場合は深在性真菌症に分類されます。
　この真菌症の診断や真菌の分類は、鏡検と真菌培養という手法が重要ですが、近年では分子生物学的解析を用いた非培養法での研究が主流となってきています。第２回「細菌叢解析とは」で述べた16S rRNA遺伝子解析と同様に次世代シーケンサーを用いて網羅的に真菌の存在比率を推定する手法が「真菌叢解析」です。この解析には、リボソームRNA遺伝子のサブユニットである18S rRNA遺伝子と26S rRNA遺伝子の間に存在する「ITS（internal Transcribed spacer）領域」、あるいは26S rRNA遺伝子内に存在する「D1/D2領域」が分類・同定の指標として広く用いられています（真核生物は28S rRNA遺伝子を有していますが、その中でも植物や真菌、原生生物は25〜26S rRNA遺伝子を有しています）。これらの領域は挿入、欠損、点変異などにより配列に非常に変化があり、近縁種や同種の識別、系統推定に威力を発揮します。
　因みに、ITS領域は変異速度が速いため、ヒトと魚のように系統的に遠い生物同士の比較に用いるのは適切ではありません。

​​　初期の研究では、解析したい細菌種をそれぞれ単離し、培養して増殖させた上で、ポリメラーゼ連鎖反応（PCR: Polymerase chain reaction）によって16S rRNA遺伝子断片を増幅・解析していました。従って、単離培養できない（培養条件が確立していない）細菌種は推定することができませんでした。近年になって細菌叢の研究が急速に進展した背景には、単離培養を介さずに採取した微生物群の塩基配列を短時間に大量に解読することのできる「次世代シーケンサー」の開発と共に、配列情報の処理に用いるコンピュータの能力向上があるのです。　
　この16S rRNA遺伝子は、生命維持に必須な機能を担っており、変異が入ってしまうと死に至ってしまう領域があります（保存領域）。しかし、変異が入っても死に至らない領域（超可変領域）が保存領域の間に9つ点在しており（V1~V9）、進化の過程で変異が蓄積され細菌種の特徴を示すようになりました。16S rRNA遺伝子解析では、この超可変領域を菌種の推定に使用します。16S rRNA遺伝子は約1,500 bpの長さがあり、超可変領域の全ての配列を解読するには費用が掛かってしまいます。そこで、一般的にはV1〜V9の１部の配列（例えばV3-V4領域やV1-V2領域など）を解読・解析することで細菌種の推定を行います。ただ、解読する超可変領域の数や場所を限定すると、遺伝学的に近縁な関係にある種の分類が困難な場合があることを念頭において解析する必要があります。この16S rRNA遺伝子解析は、細菌種を分類を完全にできるものではありませんが、細菌叢の研究で非常に有用な解析手法となっています。
　因みに、リボソームRNA遺伝子は１細胞のゲノム当たりのコピー数が種によって異なっています。例えば、アクネ菌であれば３コピー、大腸菌であれば７コピー保有しています。従って、16S rRNA遺伝子のコピー数を解析することは、細菌数を調べることと同義ではありません。

​​　私たちの腸内には数百種もの細菌が生息しており、「腸内細菌叢」や「腸内フローラ」と呼ばれています。腸内フローラとは、多種多様な腸内細菌が腸で生息している様子が、花畑（フローラ）のようであることからこう呼ばれるようになりました。「常在細菌叢」でもっとも盛んに研究がおこなわれているのは、この腸内フローラについてです。この腸内フローラは、ビタミンなどの栄養素を合成して宿主に供給したり、免疫系を活性化させたり、発がん性物質を分解させたりと積極的に宿主に働きかけています。また、腸内フローラのバランスの崩れが肥満や生活習慣病である２型糖尿病の発症に関係していることがわかってきています。実験動物を用いた研究では、腸内フローラの異常によって肝臓がんや自閉症といった病気が引き起こされることが示されています。腸内フローラと健康の関係は現在脚光を浴びている分野であり、腸内フローラの改善を通じた病気の治療や予防、生活習慣病の改善が期待されており、腸内フローラの改善をテーマにした食品などが市販され、様々なメディアでも取り上げられるようになっています。
　
 　細菌は、腸内だけではなく、口腔内や皮膚など私たちの身体の至るところに住み着いています。皮膚や毛穴にも非常に多くの細菌が生息しており、この皮膚にいる細菌は「皮膚細菌叢」と呼ばれています。細菌は1-10μm（マイクロメートル　1μm＝0.001mm)ほどの大きさであり、私たちの目では見えません。しかし、ヒトの身体にいる細菌の数は膨大であり、腸内には100兆個、皮膚には1兆個以上が生息しているといわれています。ヒトの身体が約37兆個の細胞でできていることからも、いかに多くの細菌が身体に住み着いているかがわかります。
　
　この「皮膚細菌叢」についても研究が始まり、皮膚や身体の健康状態と関わっていることが明らかとなってきています。「皮膚細菌叢」は、病原性の細菌が皮膚に取り付いて増殖することを防ぐため、抗菌作用をもつ物質を生産して、病原菌から私たちの身体を守っています。また、「皮膚細菌叢」は皮膚に弱酸性の環境を作り出したり、保水成分を産生したり、皮膚上にできてしまった活性酸素や過酸化脂質を分解するなど、皮膚の環境を整える上でも積極的な役割を果たしています（図1）。通常、「皮膚細菌叢」は一定の状態に保たれていますが、何らかの影響でこの「皮膚細菌叢」を構成する細菌の種類や数が大きく変わると、皮膚のトラブルが起こりやすくなります。例えば、抗生物質の継続的な使用により「皮膚細菌叢」のバランスが崩れてしまうと、その抗生物質に耐性を持った細菌が異常繁殖して炎症を引き起こすこともあります。弊社の研究から「皮膚細菌叢」が乾燥肌や脂性肌、敏感肌などの肌質と関連していることや、シワやシミの多い肌や老化の進んだ肌で多く見られる細菌がいることがわかってきています。皮膚の状態と「皮膚細菌叢」は密接に関係しており、美しい肌を長く保つ上でも「皮膚細菌叢」に着目することが重要です。「皮膚細菌叢」の様子を調べて、その人に合ったオーダーメードの肌ケアを選択するという時代がすぐそこまで来ているのです。
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  図１