​　「微生物」とは、肉眼で詳細を把握出来ないくらい小さい生物の総称です。細菌や古細菌、菌類（キノコやカビ）、原生生物などが含まれています。この微生物は2つのタイプに分かれます。一方は原核生物で、ミトコンドリアや小胞体、ゴルジ体などの細胞内小器官をもたず、ゲノムDNAが折り畳まれた核様体を有している生物です。この原核生物には前回のブログに登場した「細菌」と高熱の温泉や深海、高塩濃度の池など過酷な環境で良く見つかる「古細菌（アーキア）」に分けることができます。もう一方は人間や動物、植物も含まれる真核生物です。ゲノムDNAが核膜に覆われた細胞核と細胞内小器官を有しています。このうち、微細で発酵食品で馴染み深い酵母やカビ、キノコが含まれる生物を「真菌」と呼びます。真菌は、胞子を形成するものが多く、無性生殖を行い、何らかの環境変化が起こると有性生殖を行う2つのライフサイクルをもっています。また、多くは定着性で、細胞壁を有していますが、光合成を行う葉緑体をもっておらず、体外の有機物を分解して細胞表面より吸収しています。

​　DNA配列解読技術の進歩により、様々な環境（土壌・海水・生体表面や内部など）に生息する微生物から遺伝子情報であるDNAを抽出し、網羅的に解析（メタゲノム解析）することが可能になりました。これまでのように特定の微生物のみに着目した研究から、多数の生物群の相互関係を俯瞰的に捉える研究が進められています。
　​「16S rRNA遺伝子解析」とは、微生物のうち「細菌」に着目し、その存在比率を推定する手法です。採取した微生物からDNAを抽出し、細菌と古細菌などの原核生物が有している「16S リボゾームRNA遺伝子（16S rRNA遺伝子 または16S rDNA）」という遺伝子断片を増幅・解読することで行います。16S rRNA遺伝子の塩基配列は細菌種毎に少しずつ異なっており、その配列の違いを解読することで、どのような細菌がどれ位の割合で存在するかを知ることができるのです。

​　私たちは細菌と共に暮らしています。常に体内の決まった部位に存在している細菌を「常在細菌叢」と呼びます。細菌といえば食中毒や腐敗、感染症などの言葉と一緒によく耳にすることから、悪いイメージがもたれていることが多いです。しかし、私たちの生活や身体にとって良い働きをする細菌も多く存在しています。私たちが普段から口にする味噌や醤油、チーズなどの発酵食品の生産現場においても細菌は多く活用されています。細菌は私たちにとって身近な生き物なのです。​